中心管理系统根据功能的不同，又可分为中心管理子系统，领导查询子系统，系统管理员系统管理子系统。
I、中心管理子系统

中心管理子系统主要应用于管理中心各职能科室，可以 跟踪、催办、查询任意窗口部门的业务，并可以输出任意窗口部门的业务统计报表及整个中心的汇总报表。
承诺件管理
到期件自动催办、逾期件自动督办、提前办结件的自动汇总统计
联办件管理
自动接受上报，控制联办件的启动、监督各参与窗口办件进展
各窗口单位办件查询，各窗口单位服务内容查询
按受理编号查询：直接输入办件的办理编号，可以查询办件内容。
按申报人名称或电话查询（支持模糊查询）：输入按申报人名称或电话，可以查询办件内容。
按办理状况查询
按办件种类查询
服务指南查询：查询各窗口的服务指南。
自动汇总统计报表
各窗口单位办件统计报表：输出某窗口在某一段时间内办件统计报表。
图示：窗口单位办件明细报表：输出某窗口（也可以选择中心全部窗口）在某一段时间内办件明细记录。
这个功能十分强大，查询选项包括 办件分类，服务项目分类、全部收办件、收件查询、办件查询、超期件查询、提前办结件查询、急件查询、特殊服务对象办件查询等。
各窗口单位办件分类统计报表：按服务项目来对办件进行统计。
主要分全部办件分类统计表，承诺件分类统计表，即办件分类统计表，补办件分类统计表，退回件分类统计、上报件分类统计、联办件分类统计。
图示：（注：金额以办件数作基础统计）


中心办件汇总统计报表：输出中心在某一段时间内办件统计报表。
图示：

服务评议表管理
手工评议表管理，电子投票管理，对来中心办事的老百姓对窗口及工作人员的意见及评分进行统计分析。

II领导查询决策子系统

领导查询子系统除具有中心管理子系统的所有功能之外，还具有以下功能：
数据统计分析
提供日办件变化曲线图、月办件变化曲线图、中心各窗口承诺件超限图、各窗口承诺件提前办结图。
辅助决策
服务项目承诺期限设置辅助决策，服务项目设置辅助决策：在中心运行一段时间后，可以对历史数据进行分析，对服务项目的办理期限及服务项目设置进行调整。比如某一事项的规定承诺时间为15个工作日，中心开业一段时间后，采用此功能进行分析，得出实际办理平均只需7个工作日，那么在服务事项调整时可以缩短承诺时间，从而提高办事效率。
收费减免：经领导审批可以对某些办件的收费进行减免。
办件催办：对某些关系较重大的办件可以进行催办，系统件自动发催办邮件到办理窗口，并把该办件转成急件办理。

III系统管理员系统管理系统

具有中心管理子系统的所有功能之外，还具有以下功能：
l 用户管理 增加修改删除窗口工作人员及中心管理人员的信息。包括编号、姓名、密码、权限、所属窗口等。
l 窗口单位管理 增加修改删除窗口单位。
各窗口服务内容管理 增加修改删除各窗口服务指南，包括服务名称、办事程序、申报资料、收费金额、承诺时限。
l 办件修改器：用于修改、删除个窗口输入的错误数据，也可以用于恢复各窗口对办件数据的误删除。
l 休息日期设置：设置中心休息的日期和因为放假而导致的调休，如春节等。（星期六、星期日无需设置有系统自动判断）
l 口令维护